Ein Öko-Audit setzt sich aus einer Reihe von Bausteinen zusammen, wie die nachfolgende Grafik ("Der EMAS-Kreislauf") zeigt: Von zentraler Bedeutung ist die sog. erste Umweltprüfung. Alle Bereiche des Unternehmens werden dabei unter die „ökologische Lupe“ genommen und mögliche Schwachstellen untersucht. Darauf aufbauend werden in einem Umweltprogramm die Ziele und Maßnahmen festgelegt, mit denen Schwachstellen behoben und Einsparungen erzielt werden sollen.

Flankierend dazu gilt es ein Umweltmanagementsystem im Betrieb einzurichten. Dahinter verbirgt sich eine umweltspezifische Organisationsstruktur mit Festlegungen zu Verantwortlichkeiten, Abläufen und Verhaltensweisen sowie deren Kontrolle. Abschließend wird nach einer internen Prüfung („funktioniert alles so wie man sich es vorstellt“) für die Öffentlichkeit eine zusammenfassende Umwelterklärung erstellt, die alle ermittelten Daten und Fakten enthält und über die angestrebten Verbesserungsziele informiert.

Ein staatlich zugelassener, unabhängiger Gutachter prüft das Managementsystem und die Umwelterklärung und erklärt sie für gültig. Ist diese Hürde genommen, wird das Unternehmen über die Industrie- und Handelskammern bzw. Handwerkskammern in ein EMAS-Register eingetragen und darf mit dem EMAS-Logo werben.

Die einmal erfolgte Zertifizierung gilt nicht für alle Zeiten. Spätestens alle drei Jahre ist eine sog. Revalidierung durch den Umweltgutachter vorgeschrieben. Außerdem ist bei größeren Unternehmen eine jährliche Aktualisierung der Umwelterklärung erforderlich. Dies garantiert, dass auch tatsächlich eine kontinuierliche Verbesserung des Umweltschutzes im Unternehmen erzielt wird.