Ein Eingriff in festgesetzte Kompensationsflächen ist grundsätzlich möglich, wenn es sich um keine multifunktionale Maßnahme handelt, die gleichzeitig auch dem besonderen Artenschutz dient. Gemäß der Rechtsprechung des Bundesverwaltungsgerichts können Eingriffe in Natur und Landschaft auch auf Flächen zulässig sein, auf denen anderweitige Beeinträchtigungen von Natur und Landschaft durch einen vorangegangenen, an anderer Stelle vorgenommenen Eingriff zu kompensieren sind. Wird die Kompensation, zu der der erste Vorhabenträger für seinen Eingriff verpflichtet wurde, durch das nachfolgende Vorhaben unmöglich, ist der zweite Vorhabenträger zu verpflichten, auch diesen Eingriff zu kompensieren (BVerwG, Beschluss vom 31. Januar 2006 – 4 B 49/05 –, juris Rn. 36).

Nach der höchstrichterlichen Rechtsprechung bestimmt sich das Maß der Beeinträchtigung des Naturhaushalts oder des Landschaftsbildes nicht nach dem Ist-Zustand der betroffenen Flächen im Zeitpunkt der Zulassungsentscheidung des Eingriffs bzw. im Zeitpunkt des Eingriffs selbst, sondern vielmehr nach deren zu erwartender ökologischer Entwicklung. Künftige naturräumliche Entwicklungen werden durch die Eingriffsregelung insoweit geschützt, wie ihr Eintritt tatsächlich zu erwarten ist (BVerwG, Urteil vom 16. Dezember 2004 – 4 A 11/04 –, juris Rn. 21 f.).
Für die Bewertung eines Eingriffs in eine festgesetzte Kompensationsmaßnahme bedeutet dies, dass es keine Rolle spielt, in welchem Umsetzungsstadium sich die Kompensationsmaßnahme für den vorherigen Eingriff befindet. Welche ökologische Entwicklung in diesem Sinne zu erwarten ist, lässt sich aus der Zulassungsentscheidung des Eingriffs entnehmen, die auch den Zielzustand der Kompensationsmaßnahme festlegt. Dieser Zielzustand muss dann im Rahmen der Kompensation des zweiten Eingriffs hergestellt werden.
Dabei trifft die Pflicht zur Kompensation nur noch den Verursacher des zweiten Eingriffs, soweit die Kompensationsmaßnahme des ersten Eingriffs durch den zweiten Eingriff nicht mehr umgesetzt werden kann. Der Verursacher des ersten Eingriffs, der den Eingriff in die Kompensationsmaßnahme nicht zu verantworten hat, ist von der Pflicht zur Kompensation seines Eingriffs insoweit befreit.

Bei solchen sogenannten multifunktionalen Maßnahmen ist sicherzustellen, dass alle erforderlichen Funktionen der Maßnahme auch nach einem Eingriff in die Kompensationsfläche ununterbrochen erhalten bleiben, weshalb entsprechend gleichartige Ersatzmaßnahmen umzusetzen sind. Dabei muss es sich nicht zwangsläufig wieder um eine multifunktionale Maßnahme auf derselben Fläche handeln, auf der der Eingriff-Ausgleich erfolgt.

Für die Bewertung von Eingriffen in Natur und Landschaft sowie Kompensationsmaßnahmen im Rahmen der naturschutzrechtlichen Eingriffsregelung (§§ 13 bis 18 BNatSchG) ist in Baden-Württemberg kein Bewertungsverfahren verpflichtend vorgeschrieben. 
Bei der Bewertung besteht daher grundsätzlich eine freie Methodenwahl, es muss sich lediglich um ein sachgerechtes und naturschutzfachlich vertretbares Bewertungsverfahren handeln, nach dem Eingriff und Ausgleich bilanziert werden. Dies ist auch verbal-argumentativ möglich. 
Mit der Anlage 2 zur Ökokonto-Verordnung (ÖKVO) existiert ein standardisiertes und naturschutzfachlich anerkanntes Bewertungsverfahren, das verpflichtend nur für vorgezogene Kompensationsmaßnahmen, auch Ökokonto-Maßnahmen genannt, anzuwenden ist. Die Naturschutzverwaltung empfiehlt, dieses Bewertungsverfahren auch für vorhabenbezogene Kompensationsmaßnahmen heranzuziehen. 

Bei der Bewertung der Kompensationsmaßnahmen ist zu beachten, dass der tatsächliche Ausgangszustand zugrunde gelegt werden muss und es nicht auf den rechtlichen Status (beispielsweise Ackerstatus, Dauergrünland…) ankommt. Dies lässt sich damit begründen, dass nur Flächen, die aufwertungsbedürftig und –fähig sind, für eine Kompensation geeignet sind. Dies ist dann gegeben, wenn die Flächen in einen Zustand versetzt werden können, der sich im Vergleich mit dem früheren als ökologisch höherwertig einstufen lässt. Entscheidend ist die ökologische Gesamtbilanz aus der Verschlechterung durch den Eingriff einerseits und der ökologischen Aufwertung der Kompensationsfläche andererseits (BVerwG, Urt. v. 10.11.2016 - Az. 9 A 18/15 – juris Rn. 52, Urt. v. 23.08.1996 - Az. 4 A 29.95 – juris Rn. 33). Ob eine Fläche aufwertungsbedürftig ist, kann jedoch nur ermittelt werden, wenn hierfür der tatsächliche Flächenzustand erfasst und bewertet wird.

Wird beispielsweise eine Fläche mit dem rechtlichen Status ‚Acker‘ geführt, es befindet sich aber eine Ruderalfläche im tatsächlichen Zustand so ist in diesem Fall der Ausgangszustand als Ruderalfläche zu bewerten.

Die Belegung der gleichen Fläche durch verschiedene (Kompensations- bzw. Aufwertungs-) Maßnahmen zu zwei unterschiedlichen Vorhaben ist in der Regel nicht möglich, weil sich die naturschutzfachlichen Zielsetzungen zumeist ausschließen. Es ist es jedoch denkbar, dass dieselbe Fläche naturschutzfachlich aufgewertet wird (z.B. durch Schaffung oder Aufwertung eines Biotops) und eine zusätzliche artenbezogene Aufwertungsmaßnahme (auch CEF- oder FCS-Maßnahme) erfolgt, die nicht im Widerspruch zur biotopbezogenen Kompensationsmaßnahme steht. Dies erfordert, dass die Maßnahmen fachlich aufeinander abgestimmt sind. 

Konkret bedeutet das:
Ausgehend von § 15 Abs. 2 S. 4 Bundesnaturschutzgesetz (BNatSchG) ist die multifunktionale Nutzung von bspw. erforderlichen artenschutzrechtlichen Maßnahmen auch für die Erfüllung des naturschutzrechtlichen Eingriffs-Kompensationserfordernisses ausdrücklich vorgesehen, sofern es sich um das jeweils selbe Vorhaben handelt.
Eine Umsetzung von weiteren (Kompensations- bzw. Aufwertungs-) Maßnahmen auf bereits festgesetzten und umgesetzten Kompensationsflächen eines anderen Vorhabens ist grundsätzlich nicht möglich.

Denkbar ist aber eine Anerkennung in Einzelfällen, wenn es sich um eine über das Kompensationsziel hinausgehende (i.d.R.) punktuelle (Artenschutz-) Maßnahme handelt, das Kompensationsziel weiterhin gewährleistet ist und keine anderen arten- oder naturschutzfachlichen Zielkonflikte entstehen. Letztlich ist dafür eine Gesamtkonzeption unter Berücksichtigung der ursprünglichen Kompensationsziele und der neuen Maßnahmenziele erforderlich. Gleichwohl müssen dann Art und Umfang der Maßnahme hinreichend bestimmt und die Verursacherpflichten hinsichtlich der Funktionssicherung eindeutig abgegrenzt und zugeordnet sein.

Eine Überlagerung einer bestehenden Kompensationsfläche mit einer flächig wirkenden Maßnahme (eines anderen Eingriffsverfahrens) dürfte jedoch an ihre fachlichen und praktischen Grenzen stoßen und ist in der Regel wegen eines erforderlichen sehr komplexen Flächenmanagements abzulehnen. Problematisch sind hier beispielsweise:

• Frage der Erstrangigkeit bei grundbuchrechtlicher Sicherung
• Konsequenzen bei Änderungen einer der beiden Zulassungsentscheidungen oder Wegfall einer Kompensationsverpflichtung
• Inhaltliche Abgrenzungen der beiden Maßnahmen voneinander

Letztlich kommt es aber darauf an, welche Zielsetzungen mit den jeweiligen Maßnahmen (Kompensation/ Artenschutz) umgesetzt werden müssen / sollen und ob eine verwaltungsmäßige saubere Zuordnung der Verantwortlichkeit für die jeweilige Zielerreichung gewährleistet werden kann.

Nach § 15 Abs. 2 Satz 4 Bundesnaturschutzgesetz (BNatSchG) können Maßnahmen nach § 44 Abs. 5 Satz 3 BNatSchG (CEF-Maßnahmen) zugleich als Ausgleichs- und Ersatzmaßnahmen anerkannt werden (Multifunktonalität von Kompensationsmaßnahmen).
Diese Regelung bezweckt, dass eine doppelte Flächeninanspruchnahme für Kompensationsverpflichtungen aus unterschiedlichen Rechtsquellen für denselben Eingriff und dieselbe beeinträchtigte Funktion vermieden wird.